В 2002 году на кафедре хирургии ФПК и организован курс урологии, который возглавил д.м.н., профессор Сергей Иванович Корниенко.
10 июля 2008 года была образована кафедра урологии. Ее возглавил д.м.н., профессор Владимир Леонидович Медведев, заслуженный врач Российской Федерации, заместитель главного врача по урологии ГБУЗ «НИИ-ККБ №1 им. профессора С.В. Очаповского», главный внештатный уролог и трансплантолог министерства здравоохранения Краснодарского края, президент Ассоциации урологов Кубани. В 2000г. В.Л. Медведеву присвоено звание Заслуженный врач Российской Федерации, в 2016г. награждён медалью «Герой труда Кубани».
В настоящее время на кафедре урологии работают: заведующий кафедрой – В.Л. Медведев, заведующий учебной частью кафедры – И.В. Михайлов; профессор кафедры – А.С. Татевосян; доцент кафедры – Г.Д. Дмитренко; ассистенты: А.А. Буданов, С.Ш. Данелян, Д.С. Исаева, С.Н. Лепетунов, К.Е. Чернов, П.В. Шорников; лаборант – Д.В Вяхов.
Ежегодно кафедра проводит обучение студентов, ординаторов, аспирантов и сертифицированных врачей. Для вышеуказанных лиц обучение проходит в аудиторном режиме, а также у постели больного и в операционной. Помимо обязательных занятий на кафедре организован элективный курс для студентов и ординаторов, где происходит углубленное изучение предмета, а также подготовка заинтересованных лиц к выступлению на конференциях, конкурсах и олимпиадах соответствующего профиля.
Основные научные направления кафедры: лечение мочекаменной болезни, неспецифических инфекционных заболеваний и аномалий развития мочеполовой системы. Одно из ведущих мест в научных изысканиях, проводимых кафедрой, занимает раздел «онкоурология», а также реконструктивно-пластическая урология и хирургия тазового дна. По состоянию на январь 2020г. сотрудниками кафедры в общей сложности опубликовано около 500 печатных работ, в том числе 12 монографий, получено 6 патентов на изобретение.
Под руководством проф. В.Л. Медведева сотрудники кафедры активно изучают и осваивают эдоскопическую, лапароскопическую и роботассистированную хирургию. Целый ряд оперативных пособий были выполнены впервые в России, в том числе трансплантация почки с использованием робототехники.
Сотрудники кафедры постоянно повышают свой профессиональный уровень, обменивается опытом с урологами России, ближнего и дальнего зарубежья. Регулярно выступают с докладами на съездах, пленумах, конференциях Российского общества урологов, онкоурологов, андрологов, хирургов и гинекологов, а также принимают участие в работе конгрессов и съездов Европейской ассоциации урологов. Под руководством профессора В.Л. Медведева сотрудниками кафедры создана Ассоциация урологов Кубани. С 2014г. регулярно проводится Всероссийский мастер-класс «Лапароскопическая и роботическая хирургия в урологии», с 2016г. мастер-класс «Эндоскопическая урология», во время которых выполняется широкий спектр оперативных вмешательств на мочеполовой системе онкологического и реконструктивно-пластического направления лучшими специалистами со всей России.