Факультет образован в 1998 году для подготовки специалистов с высшим образованием по специальности «Фармация» с квалификацией «Провизор». В настоящее время на факультете обучаются российские и иностранные студенты на очной форме. За период существования фармацевтический факультет подготовил для здравоохранения и фармацевтической отрасли края, ЮФО и РФ более 900 специалистов с высшим фармацевтическим образованием.
Обучение на факультете осуществляется на кафедрах медико-биологического, фармацевтического и клинического профиля. Основная выпускающая кафедра факультета — кафедра фармации, которая включает многие дисциплины специального профиля.
С 2003 года в образовательном процессе факультета на кафедре клинической иммунологии, аллергологии и лабораторной диагностики ФПК и ППС разработана программа и ведется преподавание курса биотехнологии. Образовательный процесс построен согласно ГОСТу и ФГОСу третьего поколения, обеспечен всеми необходимыми материалами учебно-методического комплекса.
На факультете осуществляется 9 видов различных учебных и производственных практик согласно образовательным стандартам. Студенты факультета изучают процессы производства лекарственных средств на российских и зарубежных фармацевтических предприятиях, организацию и проведение заготовки, приемки и стандартизации лекарственного растительного сырья, определение ресурсов дикорастущих лекарственных растений и др. Сфера интересов студентов также включает в себя технологию изготовления, контроль качества, хранения лекарственных форм в аптеках, проведение химико-токсикологических исследований, организацию и осуществление лекарственного обеспечения и доврачебной медицинской помощи больным и пострадавшим в экстремальных ситуациях и др. Студенты активно включены в работу СНО факультета и университета, регулярно выступают с докладами на конференциях, принимают участие в грантовых программах, в общественных мероприятиях факультета и вуза в целом.
Факультет имеет прочные научные контакты в различных областях с рядом университетов России и зарубежья, которые налажены в рамках выполнения проекта Темпус «Совершенствование программы подготовки по биотехнологии» («Improvement of teaching programs in biotechnology» Tempus project 511092-1-TEMPUS-2010-1-UK-JPCR), Cranfield University, Cranfield за 2011-2012 гг. Участниками проекта, помимо КубГМУ, были также Кренфильдский университет (Великобритания); Пражский институт химических технологий (ICT Prague, Чехия); университет Дублина (Dublin city university, Ирландия); Санкт-Петербургская государственная химико-фармацевтическая академия и Московский государственный университет тонких химических технологий им. М.В. Ломоносова. Данный проект позволил осуществлять обмен специалистами, студентами и молодыми учеными, в результате чего сложились прочные творческие научные и образовательные контакты.
За время работы факультета было проведены множество разнообразных крупных научных и образовательных форумов, в т.ч. и с международным участием, по проблемам технологии лекарственных препаратов, клинической фармакологии, фармацевтической биотехнологии, иммунобиотехнологии. Факультет неоднократно представляли высокие научные достижения студентов и преподавателей на многочисленных международных форумах.
На факультете создана и активно работает Методическая комиссия, которая следит за современным уровнем организации и проведения учебного процесса на студенческом и последипломном уровне.