Кафедра факультетской и госпитальной хирургии образована по решению Ученого Совета университета в целях оптимизации учебного процесса в сентябре 2019 года путем слияния двух хирургических кафедр: кафедры факультетской хирургии с курсом анестезиологии и реаниматологии и кафедры госпитальной хирургии.
Объединенная история двух кафедр берет свое начало с 1920 года, когда на базе Областной Кубано-Черноморской больницы была развернута клиника госпитальной хирургии. История другой составной части нового объединенного подразделения, кафедры факультетской хирургии начинается с 1923 года. После объединения двух кафедр, с 2019г. по настоящее время новое учебное подразделение возглавляет д.м.н. Константин Иванович Попандопуло. Он в 1988 году окончил Кубанский медицинский институт им. Красной Армии, в 2008 году защитил докторскую диссертацию на тему: «Клиническое управление в комплексном лечении острых осложнений язвенной болезни двенадцатиперстной кишки на муниципальном уровне». Константин Иванович успешно совмещает научную и практическую деятельность. Им опубликовано 67 научных работ в центральной и международной прессе. Имеет 3 патента на изобретения по хирургическому лечению осложненной язвенной болезни двенадцатиперстной кишки. Клиническая база кафедры факультетской и госпитальной хирургии находится на территории ГБУЗ «Клиническая больница скорой медицинской помощи г.Краснодара» — самого крупного ургентного учреждения Краснодарского края. Для обучения студентов используются лечебно-диагностические комплексы клинической базы: приемное, рентгенологическое, ультразвуковое, патологоанатомическое отделения, а так же отделения реанимации, функциональной и лучевой диагностики, эндоскопической и эндоваскулярной хирургии. Указанные подразделения оснащены современной лечебно-диагностической аппаратурой и оборудованием, Все это позволяет на широком клиническом материале производить научные изыскания и наглядно обучать студентов основам хирургии. Наряду с традиционным обучением у постели больного, на кафедре широко используются возможности симуляционного обучения с применением тренажеров, симуляторов и моделей, которое ни в какой мере не заменяет, а только дополняет подготовку к реальной клинической практике и обеспечивает безопасность пациентов. Основными научными направлениями кафедры традиционно являются вопросы неотложной хирургии органов брюшной полости, травм груди и живота, ургентных осложнений язвенной болезни и хирургической инфекции. На кафедре на современном уровне разрабатываются вопросы малоинвазивной хирургии под УЗИ- и КТ-навигацией, эндоваскулярной рентгенхирургии и внутрипросветной эндоскопии.
В настоящее время на кафедре успешно работают профессора: В.А. Авакимян, Г.К. Карипиди, А.Я. Коровин; доценты: С.В. Авакимян, С.Б. Базлов, М.Т. Дидигов, В.В. Зорик, Н.В. Марченко; ассистенты: Л.Л. Зайцев, К.А. Исаханян, О.Ю. Ключников, Е.Ю. Лобков, А.В. Морозов, В.В. Нарсия, Е.Е. Породенко.
Профессорско-преподавательский состав кафедры факультетской и госпитальной хирургии способен обеспечить преемственность в процессе обучения и высокое качество подготовки кадров для практического здравоохранения, при этом значение объединенной кафедры как учебного и научно-практического центра будет не только сохранено, но и с большим успехом преумножено.