Кафедра гигиены была создана в 1920 году.
Первую в истории вуза кафедру гигиены и эпидемиологии (так она тогда называлась) возглавил известный ученый, широко образованный человек, один из инициаторов формирования органов здравоохранения, в том числе санитарной службы в Краснодаре и Краснодарском крае, доктор медицины Аполлон Андреевич Цветаев (1920–1924). Именно ему на открытии Кубанского университета 5 сентября 1920 года было предоставлено право произнести первую в истории вуза актовую речь. А.А. Цветаев стал инициатором становления в городе Краснодаре и Краснодарском крае санитарно-противоэпидемической службы и органов здpавоохpанения. Под его руководством коллективом первых сотрудников кафедры – ассистентов санитарных врачей В.Б. Забалуева (1920-1923 гг.), А.И. Аммиантова (1920-1924 гг.), В.Р. Яворского (1920-1931 гг.) и др., был налажен учебный процесс и выполнены первые научные исследования. Профессор А.А. Цветаев принял активное участие в организации физико-медицинского общества, в создании первого печатного научного медицинского издания – «Военно-медицинского журнала», который в 1921 году был переименован в «Кубанский научно-медицинский вестник», стал автором первых научных статей кафедры: Цветаев А.А. Холерная вспышка в городе Новороссийске в 1922 г. с точки зрения санитарно-технической и эпидемиологической//Кубанский научно-медицинский вестник. 1922. — №1–6. С.69–86. Цветаев А.А. Школьный вопрос с точки зрения гигиениста / А.А. Цветаев //Медицинская мысль. — 1922. — №6-8. — С.270-273.
В 1924–1932 годах кафедрой руководил профессор Павел Петрович Авроров. Одновременно он заведовал кафедрой фармакологии и был сначала заместителем (1922–1925 гг.), потом директором (1925–1929 гг.) Кубанского мединститута имени Красной армии. Ассистентами на кафедру были приглашены опытные санитарные врачи М.Л. Бенсман (1924-1944 гг.), Л.А. Лебедев (1926-1934 гг.), врач-бактериолог С.Ф. Бубес. Были опубликованы первые работы по гигиене труда: 1. Бенсман М.Л. Состояние здоровья и условия труда рабочих-полиграфистов г.Краснодара / М.Л. Бенсман // Гиг. труда. — 1925. — №1. — С.87-94; 2.Бенсман М.Л. Краснодарские печатники, их здоровье и условия труда / М.Л. Бенсман. – Краснодар : Кубанская окр. камера труда, 1925.- 15 с.; 3. Бенсман М.Л. Газовое состояние воздуха при ферментации и обработке листовых жёлтых табаков / М.Л. Бенсман // Гиг., безоп. и патол. труда. — 1931.- №4-5.- С.61-69.
В 1927 году впервые на кафедре (в те годы она называлась кафедрой экспериментальной гигиены) для преподавания курса школьной гигиены была введена должность доцента (Н. П. Марков: 1927-1938 гг.), который опубликовал первую в истории кафедры статью по гигиене детей и подростков: Марков, Н. П. Опыт исследования санитарной среды учащихся г.Краснодара // Сов. мед. на Сев. Кавк. 1927. — №3. -С.86-102.
С 1934 по 1941 гг. кафедру, которая с 1937 года называлась кафедрой общей гигиены, возглавлял выпускник нашего института, руководитель санитарно-гигиенического отдела Краснодарского санитарно-бактериологического НИИ Михаил Петрович Болотов.
Сотрудниками кафедры (М.Л. Бенсман, Е.П. Токарева, Е.А. Серобабова, Н.С. Кузьмин и др.) впервые стали выполняться эколого-гигиенические исследования, а профессор М.П. Болотов защитил первую в истории кафедры докторскую диссертацию на тему: «О гигиеническом значении свинца и меди в питании и о применении электролиза для определения этих металлов в пищевых продуктах» (г.Ленинград, Учёный совет Военно-медицинской академии, 1940 г.).
В годы Великой Отечественной войны кафедрой руководил профессор Д.И. Кочан, а затем обязанности заведующего кафедрой (1942–1944 гг.) исполнял доцент Михаил Лазаревич Бенсман. Коллектив кафедры в эти военные годы все свои силы направлял на ускоренную подготовку медицинских кадров для армии и тыловых медицинских учреждений.
В послевоенные годы (1944–1950 гг.) заведовал кафедрой известный гигиенист профессор Рафаил Семенович Альтман, который многое сделал для восстановления учебно-методической, лабораторной базы и возобновления научно-исследовательской работы кафедры.
Значительных успехов, особенно в научно-исследовательской работе, коллектив кафедры гигиены достиг под руководством крупного организатора и известного ученого профессора Филиппа Харитоновича Чехлатого (1950–1955 гг.), который одновременно был ректором мединститута. Ранее он возглавлял НИИ гигиены труда и профессиональных заболеваний АМН СССР и был заместителем главного государственного инспектора Наркомата здравоохранения. Профессор Ф.Х. Чехлатый – первый профессор-гигиенист на Кубани, который стал изучать проблему гигиены труда в развивающейся в те годы нефтяной промышленности. Под его руководством начали работать первые аспиранты кафедры, ставшие впоследствии известными учёными и организаторами науки: академик АМН СССР – Михаил Георгиевич Шандала, профессора Степан Христофорович Николов и Вадим Александрович Нестеров. Профессор Ф.Х. Чехлатый первый обратил внимание на очаговую эндемичность по йоду на Северном Кавказе, в частности, в Адыгейской автономной области Краснодарского края. Ассистент кафедры Софья Михайловна Печёнкина собрала фактический материал по этой актуальной проблеме и защитила кандидатскую диссертацию.
Очередной этап развития кафедры и формирования нового научного направления, совершенствования лабораторной базы тесно связан с приходом в качестве заведующего (1956–1964 гг.) одного из организаторов Научно-исследовательского института питания АМН СССР и организатора кафедры гигиены питания в ЦОЛИУВе, Заслуженного деятеля науки, доктора медицинских наук, профессора Феликса Станиславовича Околова. Значительное место стали занимать лабоpатоpные и экспериментальные биохимические методы исследования. Он разработал методы изучения и оценки пpижизненной денатуpации и теpмочувствительности pазличных белков, подвеpгавшихся воздействию внутренних и внешних фактоpов сpеды, которые были использованы его учениками (выполнено боле 100 работ, в том числе 18 диссертаций, из них 4 докторских), в том числе доцентом С.Х. Николовым, и показал возможность пpименения этого метода в гигиенической пpактике и клинике. Ф.С. Околов разработал новый метод определения метгемоглобина в крови, предложил первую в истории гигиены питания классификацию пищевых отравлений, основанную на этиолого-патогенетическом принципе, на кафедре возобновились исследования экологической направленности, был подготовлен и издан учебник для студентов «Курс лекций по военной гигиене» (1960 г.).
Более 26 лет (1964–1991 гг.) кафедрой руководил ученик профессоров Ф.Х. Чехлатого и Ф.С. Околова – питомец нашего вуза Степан Христофорович Николов, одновременно несколько лет работавший деканом лечебного факультета. В течение десяти лет (1965–1974 гг.) кафедра была первой и единственной в стране, проводившей гигиеническую оценку биологической ценности и безвредности пищевых продуктов, полученных по новым технологиям с использованием ультразвука и вибрации. Все эти годы С.Х. Николов представлял коллектив кафедры и вуза в научных советах ГК СМ СССР по науке и технике и ВЦСПС. За комплекс работ по сельской медицине ученый в 1982 году был удостоен звания лауреата премии АМН СССР по гигиене имени Ф.Ф. Эрисмана. Профессор С.Х. Николов в течение многих лет был заместителем председателя проблемной комиссии АМН СССР и республиканской комиссии «Научные основы гигиены села», активно работал в Центральной проблемной учебно-методической комиссии по гигиене МЗ СССР, в ученых советах по защите диссертаций при Кубанском и Ростовском мединститутах, а также в редакционном совете журнала «Гигиена и санитария». В 1965 году он создал Краснодарское краевое научно-медицинское общество «Гигиенистов и санитарных врачей» и более 26 лет руководил им.
С 1991 года коллективом кафедры руководит воспитанник Военно-медицинской академии им. С.М. Кирова (военно-морской факультет, г.Ленинград, 1961 г.) ученик профессора Степана Христофоровича Николова, доктор медицинских наук, «Действительный член (академик) Международной академии наук экологии и безопасности жизнедеятельности», «Заслуженный работник здравоохранения Российской Федерации», профессор Пётр Владимирович Нефёдов. Он автор и соавтор более 375 публикаций (из них 91 статья в различных журналах), в том числе семи монографий и двух учебников для студентов вузов Российской Федерации. Он соавтор разработки четырёх документов союзного и республиканского уровня внедрения в народное хозяйство, соавтор и редактор 12 учебно-методических руководств и практикумов для студентов лечебного, педиатрического, медико-профилактического, стоматологического и фармацевтического факультетов. Профессор П.В. Нефёдов много лет работал в составе Всесоюзной проблемной комиссии «Гигиена труда женщин в сельскохозяйственном производстве», Республиканской комиссии «Научные основы гигиены села», Координационного учебно-методического Совета по экологическому образованию и воспитанию студентов медицинских и фармацевтических вузов РФ, в экспертных Советах Государственной научно-технической программы «Здоровье населения России» и Краевого комитета по охране природы, в диссертационном совете при Ростовском медицинском университете. Ряд лет (1991-1993 годы) руководил СНО нашего вуза.
С 1994 по 1999 год, продолжая руководить кафедрой, профессор П.В. Нефёдов работал проректором по учебно-воспитательной работе КГМА. По его инициативе и при непосредственном участии в вузе были открыты факультет повышения квалификации преподавателей, медико-профилактический и фармацевтический факультеты. Коллектив кафедры первой в стране явился инициатором организации и проведения учебных занятий по медицинской экологии для студентов выпускных курсов. В 1999–2008 годах он возглавлял деканат по работе с иностранными учащимися. Профессор П.В. Нефёдов – консультант докторской диссертации, научный руководитель 4 кандидатских диссертаций.
В последние годы научные интересы кафедры сосредоточены на проблеме гигиены детей и подростков.
Сегодня на кафедре учебно-воспитательную, методическую и научно-исследовательскую работу под руководством профессора П.В. Нефёдова ведут доценты С.С. Колычева, Л.Р. Школьная, А.Г. Кунделеков, старшие преподаватели И.С. Захарченко, О.Ю. Манилова, ассистент Л.В. Батракова, старший лаборант С.А. Четверикова, лаборант А.А. Савченко.